Covid-19 : ces variants qui se propagent à travers le monde

Seringues Sinovac Chili 11 mars 2021

Des seringues et une dose de vaccin Sinovac vide au complexe sportif de La Pintana transformé en centre de vaccination à Santiago au Chili le 11 mars 2021.

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Si "plus de 4.000 variants du SARS-CoV-2 ont été identifiés à travers le monde" selon les services de santé britannique, leurs apparitions sont tout sauf une surprise : c'est un processus naturel puisque le virus acquiert des mutations au fil du temps, pour assurer sa survie. 

[Mis à jour le 25/01/22] À ce stade, cinq variants sont considérés par l'OMS comme " préoccupants ", ceux qui ont d'abord été détectés en Angleterre, en Afrique du Sud puis au Brésil (deux variants y ont été observés dont le P1 classé préoccupant). En octobre 2020, un quatrième variant apparu en Inde a fait l'objet d'une attention particulière. Ce pays de 1,3 milliard d'habitants a connu une explosion de cas est inscrit sur liste rouge par d'autres nations. Fin novembre 2021, c'est le variant Omicron, détecté en Afrique du sud qui suscitait l'inquiétude partout dans le monde.  Pour faciliter les débats publics sur les variants, l'OMS a décidé de nommer les variants à l'aide du nom des lettres de l'alphabet grec (alpha, bêta, gamma, delta...), plus accessible à un public non scientifique et qui permet d'éviter de stigmatiser le pays où ce variant est initialement découvert.

Variant Omicron

Le nouveau variant B.1.1.529 du virus qui donne le Covid 19, a été détecté pour la première fois en Afrique australe, le 24 novembre 2021. Dès le 26 novembre, il était classé "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), et a été baptisé "Omicron". "Ce variant présente un grand nombre de mutations, dont certaines sont préoccupantes" , avait indiqué le groupe d'experts chargé par l'OMS de suivre l'évolution du Covid-19. Selon ce groupe d'experts, la première infection confirmée connue d'Omicron provient d'un échantillon prélevé le 9 novembre. Par la suite, les infections en Afrique du Sud ont fortement augmenté, coïncidant avec la détection du nouveau variant.

Il avait été ensuite détecté en Israël sur une personne revenue du Malawi, au Botswana, en Belgique et à Hong Kong.  "Nous comprenons que les gens soient inquiets. La bonne chose est que nous avons des systèmes de surveillance dans le monde entier pour détecter ces variants très rapidement" , avait souligné Mme Van Kerkhove, responsable de la gestion de l'épidémie de Covid-19 à l'OMS.

Ce variant présente un potentiel de propagation très rapide, bien plus que son prédécesseur Delta, selon les scientifiques. Du point de vue génétique, il possède un nombre de mutations inhabituellement élevé, dont une trentaine dans la protéine spike, la clé d'entrée du virus dans l'organisme.

En se fondant sur l'expérience des précédents variants, on sait que certaines de ces mutations peuvent être associées à une plus grande transmissibilité et à une baisse d'efficacité des vaccins.

La première “image” du nouveau variant Omicron montrait en effet qu’il présente beaucoup plus de mutations que Delta. "D'autres études nous diront si cette adaptation est neutre, moins dangereuse ou plus dangereuse" , avaient précisé les chercheurs de l'hôpital Bambino Gesù de Rome qui ont réalisé cette image.

L'émergence de ce nouveau variant a affolé de nombreux pays, qui se sont empressés de fermer leurs frontières et les liaisons aériennes avec l'Afrique australe. Omicron est maintenant majoritaire dans de nombreux pays.

Le sous-variant BA.2 d'Omicron

Surnommé le " petit frère d'Omicron ", le sous-variant BA.2 a été détecté pour la première fois le 1er novembre 2021. Cette souche minoritaire du variant Omicron est déjà majoritaire au Danemark, où il représente, au 24 janvier, 66% des souches de SARS-COV-2. 

C'est la vitesse à laquelle ce sous-variant a supplanté son aîné au Danemark qui inquiète les scientifiques. Au niveau épidémiologique, le Danemark et le Royaume-Uni suivent des courbes similaires depuis le début de la vague Omicron. Problème : au Royaume-Uni, depuis le 5 janvier, la courbe des cas s'est infléchie avant de redescendre rapidement, tandis qu'au Danemark, la courbe des contaminations a continué son ascension. Et si ce différentiel était expliqué par une contagiosité accrue de la souche BA.2 du variant Omicron, majoritaire au Danemark ? C'est la question que se posent les scientifiques. La question se pose également en France. Le pic de la vague Omicron, attendue pour la mi-janvier, tarde à se préciser. Et si ce retard dans le pic était dû, là aussi, au variant BA.2 ? Interrogé mardi 25 janvier sur France Info, Jean-François Delfraissy a expliqué que les autorités sanitaires observaient attentivement le variant BA.2. " Si ce petit cousin d'Omicron prend le pouvoir, ça veut dire qu'il est plus transmissible, toute la question posée va être sa sévérité ". " On le regarde ", " quel est son niveau de gravité ? Je ne le sais pas ", a-t-il admis.

De son côté, Olivier Véran, le ministre de la Santé, a affirmé sur LCI ce mardi 25 janvier " qu'on pourrait se recontaminer potentiellement au BA.2 même lorsque nous aurions été contaminés au variant Omicron ". Cela " pourrait conférer un avantage concurrentiel au BA.2 qui pourrait du coup circuler un peu plus largement" , a-t-il ajouté.

Le problème, c'est qu'à l'heure actuelle, les autorités sanitaires françaises sont dans l'incapacité de distinguer BA.1 et BA.2 à partir des tests. Au 25 janvier, une soixantaine de cas ont été repertoriés en France selon Olivier Véran. Un chiffre probablement sous-évalué.

On ne dispose pas non plus des données nécessaire pour affirmer que le variant BA.2 est plus contagieux que la souche BA.1. Une étude danoise affirme cependant que le sous-variant BA.2 ne provoque pas plus d'hospitalisations que son grand frère.

Au niveau des mutations, le variant BA.2 présente quelques mutations au niveau de la protéine Spike qui pourraient altérer l'effet des anticorps, mais là aussi, il est trop tôt pour affirmer avec certitude que les anticorps soient moins efficaces contre BA.2 que contre BA.1.  

Faut-il s'inquiéter du variant "Deltacron" ? 

Depuis le début du mois de janvier, de nombreux médias internationaux ont relayé une information venue d'un virologue chypriote. Il affirme qu'il existe désormais une nouvelle souche du Covid-19, baptisée "Deltacron." Cette souche combine les caractéristiques des variants Delta et Omicron.  Cependant, la communauté scientifique s'est rapidement montrée sceptique. Plusieurs chercheurs ont souligné qu'il était impossible de retrouver une lignée unique à la grosse vingtaine d'échantillons supposés de "Deltacron". De ce fait, comme pour le moment il n'y a pas de données prouvant l'existence d'une souche du virus issue d'un tronc commun de mutations successives, il est impossible d'affirmer l'existence d'un variant issu de Delta et d'Omicron.  " Deltacron vient sûrement d'une contamination lors du séquençage ", a avancé sur Twitter la chercheuse Maria Van Kerkhove, qui dirige la lutte contre le Covid à l'OMS.

Variant indien "double mutant" ou Delta

[mise à jour du 19 juin]  Après avoir qualifié la totalité du variant indien B.1.617 comme "préoccupant", l’OMS (Organisation mondiale de la santé) est revenue sur son avis début juin pour ne considérer qu’une seule sous-lignée du variant, le B.1.617.2, comme particulièrement "à risque pour le public". " Nous continuons d'observer une transmissibilité en nette hausse et un nombre croissant de pays qui signalent des flambées liées à ce variant ", note l'OMS, qui juge " prioritaire " de conduire " de nouvelles études " sur son impact. Plus contagieux, mortels et parce que les vaccins pourraient ne pas offrir de protection contre eux, le B.1.617.2, ainsi que trois autres variants du virus, sont désormais qualifiés de préoccupant. Détecté seulement entre 2% à 4% en France, le variant delta a cependant provoqué une flambée des cas au Royaume-Uni, représentant jusqu’à 96% des nouvelles contaminations. " Très préoccupé" , Boris Johnson a d'ailleurs pris la décision de repousser la date de déconfinement, initialement prévu le 21 juin, au 19 juillet. À Moscou, le variant serait aussi responsable de près de 90% des nouveaux cas recensés de Covid-19, a annoncé le maire de la capitale russe le 19 juin 2021. Selon les chiffres du gouvernement, 9.120 infections ont été enregistrées dans les dernières 24 heures, un nouveau record pour le deuxième jour consécutif.

(Re)lire : Covid-19 : que sait-on du variant Delta ?

Ce variant, appelé par le nom de sa lignée, B.1.617, a été détecté dans l'ouest de l'Inde en octobre. Il est qualifié de "double mutant" parce qu'il est notamment porteur de deux mutations préoccupantes au niveau de la protéine de pointe ( "spike" ) du virus Sars-CoV-2.

La première, E484Q, est proche de celle déjà observée sur les variants sud-africain et brésilien (E484K), soupçonnée d'entraîner une moindre efficacité de la vaccination et un risque accru de réinfection. La seconde, L452R, est également présente dans un variant repéré en Californie, et pourrait être capable d'entraîner une augmentation de la transmission. C'est la première fois qu'on les repère ensemble sur un variant ayant une diffusion importante.

Ces caractéristiques font craindre qu'il soit plus "résistant" face aux vaccins actuels contre le Covid-19, développés pour reconnaître la protéine spike des souches précédentes du coronavirus. Mais cela n'est pas prouvé pour le moment.

"La mutation 484 peut être en partie responsable d'un échec immunitaire, mais en sachant qu'elle seule n'est pas suffisante. Il faut qu’elle soit éventuellement associée à d'autres mutations que l'on ne voit pas dans ce variant indien" , a souligné mercredi le virologue Bruno Lina sur la radio France Inter.

"Je pense que dans une semaine ou deux, nous aurons une estimation plus quantitative de la réaction du (virus) variant au vaccin" , a déclaré à l'AFP Rakesh Mishra, du Centre de biologie cellulaire et moléculaire de la ville d'Hyderabad en Inde. 

L'autre inquiétude est qu'il s'agisse d'un variant plus contagieux, qui facilite donc une augmentation du nombre de contaminations, à l'heure où de nombreux pays tentent de juguler une deuxième ou une troisième vague de l'épidémie.

D’après l’OMS le variant Delta est signalé dans 80 pays au total.

  • Propagation du variant Beta dans le monde (source OMS)

variant Delta 15 juin

Variant britannique ou Alpha : 64% plus mortel

Apparu pour la première fois en septembre 2020 au Royaume-Uni, le variant britannique appelé aussi VOC 202012/01 ou B.1.1.7 , a été signalé par les autorités du Royaume-Uni le 14 décembre 2020 et a depuis causé une forte hausse des cas sur l’île. Selon une étude publiée le 10 mars dans la revue médicale BMJ ( British Medical Journal ), le variant anglais est non seulement plus contagieux mais aussi 64% plus mortel que le coronavirus classique. Pour 1.000 cas détectés, le variant anglais provoque 4,1 morts, contre 2,5 pour le coronavirus classique, concluent les auteurs de ces travaux. " Il y a une haute probabilité que le risque de mortalité soit augmenté par une infection " au variant anglais, écrivent ces chercheurs des universités d'Exeter et de Bristol.

Fin janvier, le NERVTAG, le groupe qui conseille le gouvernement britannique sur les virus respiratoires, avait indiqué qu'il y avait une " possibilité réaliste " que l'infection par ce variant soit associée à un risque plus élevé de mortalité. Ce groupe estimait que la létalité du variant (risque de décès parmi les personnes infectées) pouvait être 30 à 40% supérieure, en s’appuyant sur plusieurs études. Ses auteurs se sont basés sur les données de 110.000 personnes testées positives hors hôpital entre octobre et janvier, qu'ils ont suivies durant 28 jours. La moitié avait été infectée par le coronavirus classique, l'autre par le variant anglais (appelé VOC 202012/01 ou B.1.1.7, du nom de sa " lignée ", c'est-à-dire sa famille génétique). Les chercheurs ont comparé la mortalité dans l'un et l'autre des deux groupes (141 décès contre 227), en prenant en compte certains facteurs comme l'âge, le sexe ou l'origine ethnique, et ont estimé que le variant anglais était 64% plus mortel.

D'après une étude du 10 janvier, les vaccins Pfizer/BioNTech resteraient efficaces face au variant britannique, tout comme le vaccin Moderna selon le laboratoire lui-même. Par ailleurs, le variant continue de se propager de manière significative. Le dernier rapport épidémiologique de l’OMS publié le 15 juin atteste que ce dernier a été détecté dans 164 pays au total.

  • Propagation du variant Alpha dans le monde (source OMS)

variant alpha 15 juin

Voir aussi : Covid-19 : le variant britannique, plus contagieux, est aussi plus mortel

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Variant sud-africain ou Beta : 50% plus transmissible

Le 18 décembre 2020, le ministère de la Santé sud-africain annonçait l’apparition d’un variant sur le sol national. Quelques jours après, le nombre de cas augmentait fortement dans tout le pays. S’il n’est pas plus mortel que le SARS-COV-2, il est 1,5 fois plus contagieux selon des experts sud-africains. Baptisée 501Y.V2 , cette mutation " est 50% plus transmissible ", mais " rien n'indique que le nouveau variant est plus sévère ", a déclaré le Pr Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère de la Santé sud-africain. Par ailleurs, plusieurs études convergent pour dire que le variant sud-africain semble réduire l'efficacité des vaccins, notamment à cause de la mutation E484K. Les deux dernières ont été publiées le 17 février dans la revue médicale NEJM et ont été réalisés par des scientifiques de Pfizer/BioNTech et Moderna, les fabricants des deux principaux vaccins.

Elles montrent que la quantité d'anticorps protecteurs produits après l'injection de ces deux vaccins est moins importante quand on est en présence du variant sud-africain (par rapport au variant anglais ou au coronavirus classique). Cela laisse donc supposer que la protection est plus faible. L'équipe du Pr Schwartz, responsable de l'unité Virus et Immunité à l'Institut Pasteur, a réalisé une étude du même type, selon laquelle " il est beaucoup plus difficile de protéger contre le variant sud-africain au cours du temps ". Toutefois, une étude préliminaire réalisée début mars par l'équipe scientifique sud-africaine ayant découvert le variant sud-africain 501Y.V2, tend à montrer que les personnes contaminées par le variant sud-africain du nouveau coronavirus possèdent une meilleure immunité face aux autres mutations du virus. Le plasma de personnes contaminées par le variant avait " une bonne activité neutralisante " contre les virus " de la première vague " et potentiellement contre d'autres nouveaux variants inquiétants, ont fait savoir les scientifiques sud-africains. " Le 501Y.V2 peut générer un haut niveau d'anticorps capable de le neutraliser ", a expliqué le virologue Tulio de Oliveira dans une conférence vidéo, faisant état d'une réponse immunitaire qui dépasse celle d'autres variants. D’après l’OMS le variant sud-africain (501Y.V2) est signalé dans 115 pays au total.

variant beta 15 juin

Voir aussi : Coronavirus : les variants britannique et sud-africain posent des défis risqués

Deux variants brésiliens originaires d'Amazonie, le P1 alias Gamma classé "préoccupant" par l'OMS

Le premier variant, le B1.1.248, a été détecté début janvier au Japon sur une famille en provenance du Brésil et plus précisément d’Amazonie. Il est devenu rapidement dominant à Manaus, la capitale de l’Etat d’Amazonas : " En décembre, on le trouvait dans 51% des échantillons séquencés provenant de patients du coronavirus, et entre le début et le 13 janvier, c'était 91% ", explique Felipe Naveca qui étudie les mutations du virus dans l'Etat septentrional du Brésil et travaille avec le centre de recherches médicales public Fiocruz. La contagiosité du variant a aussi été rapidement été observée : " Tous les indices indiquent déjà que (ce variant) est plus contagieux, car il présente des mutations qui ont été liées à la plus grande transmission du virus observée dans les variants du Royaume-Uni et d'Afrique du sud ", a dit le chercheur. Fin janvier, un second variant, appelé P.1 a fait son apparition. Il est «  l'un des 18 variants du coronavirus qui ont circulé dans l'Etat d'Amazonas depuis le début de la pandémie " il y a 10 mois, explique le chercheur. Des enquêtes récemment menées par l’OMS, ont cependant montré que le variant P.1 avait « une transmissibilité accrue par rapport aux variants circulant auparavant ». Il serait aussi « 1,1 à 1,8 fois plus susceptible d’entraîner la mor t », tout en soulignant qu’il s’agit «  de résultats préliminaires et qu’ils ne sont pas généralisables à d’autres contextes ». Depuis le début de l’année, le système sanitaire de la métropole de Manaus de 2,2 millions d'habitants est totalement débordé et une centaine de personnes sont mortes à la mi-janvier par asphyxie, en raison d'une pénurie d'oxygène. Selon l’OMS, le variant Gamma a été signalé jusqu’alors dans 68 pays.

  • Propagation du variant Gamma dans le monde (source OMS)

variant britannique dans le monde

Voir aussi : Covid-19 au Brésil : au coeur de la forêt, des malades meurent d'asphyxie à Manaus

Autres variants en attente ?

Il existe une deuxième catégorie de variants, surveillés par la communauté scientifique internationale à cause de leurs caractéristiques génétiques potentiellement problématiques mais qui ne circulent encore qu'à moindre échelle.

" Les semaines et les mois à venir nous diront s'ils entrent dans la catégorie des variants très inquiétants qui se diffusent très vite, ou s'ils vont rester des variants qui circulent à bas bruit ", explique à l'AFP Etienne Simon-Lorière, responsable de l'unité de génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur (Paris). Tous ces variants sont classés par famille, ou "lignée": selon les mutations qu'ils ont acquises, ils occupent une place précise dans l’arbre généalogique du virus SARS-CoV-2 d’origine. Le variant Eta, détecté dans plusieurs pays comme l'Ecosse, le Nigeria, la France ou l'Australie a été le premier inscrit sur cette liste le 17 mars 2021. Ensuite est venu le Iota, le 24 mars, détecté pour la première fois aux États-Unis en novembre 2020, puis le Kappa début avril, le Lambda en juin et enfin le Mu, inscrit sur la liste le 30 août. Pour ce dernier variant, détecté pour la première fois en janvier 2021 en Colombie,  Santé Publique France recensait 105 contaminations le 25 août 2021 en France, où  il est classé comme étant en cours d'évaluation. Dans son bulletin hebdomadaire publié le 31 août , l'OMS indiquait qu'une étude préliminaire montrait que ce variant aurait la capacité de résister aux vaccins, mais des études supplémentaires doivent être menées afin de mieux comprendre la mutation et sa dangerosité. Début 2022, de nombreux médias anglo-saxons, mais aussi français se sont inquiétés de l'émergence d'un " variant français ",  qui présenterait de nombreuses mutations et serait lié à un grand nombre d'hospitalisations dans le sud du pays. " Il n'y a eu qu'une vingtaine d'échantillons B.1640.2 pour le moment (et) on a isolé les derniers en date le 6 décembre ", a remarqué sur Twitter le généticien François Balloux.

Ce variant, identifié comme B.1.640.2, est bien réel et a été repéré par des chercheurs britanniques début décembre. Mais il n'a en réalité été isolé que dans un nombre très limité d'échantillons et il n'y a pas de raison d'établir un rapport avec la situation difficile dans les hôpitaux d'une partie du sud de la France.

Un autre variant, nommé C.12, est surveillé par les scientifiques sud-africains, car il mute beaucoup plus rapidement que les autres variants. Pour le moment, il n'est pas qualifié comme étant digne d'intérêt ou inquiétant car il n'est pas assez fréquent : il a été détecté uniquement en Afrique du Sud, mais aussi à Maurice, en Nouvelle-Zélande, en Chine ou au Royaume-Uni.

Quid de la vaccination ?

" Des variants contre lesquels les vaccins actuels pourraient être moins efficaces (...) vont probablement continuer à émerger ", met en garde le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Tout en appelant à vacciner le plus vite possible pour prendre les variants de vitesse, les autorités sanitaires mondiales demandent aux fabricants de travailler à des vaccins de nouvelle génération, adaptés à des variants émergents. 

En outre, l'Union européenne et les Etats-Unis ont annoncé cette semaine la mise en place de programmes destinés à renforcer les opérations de séquençage génétique, indispensables pour suivre la progression des variants et repérer rapidement l'apparition de nouveaux.

En attendant, les scientifiques insistent sur le respect des mesures barrières, aussi cruciales contre les variants que contre le coronavirus classique.

Voir aussi : Covid-19 : le vaccin de Moderna reste efficace contre les variants britannique et sud-africain

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apparition dun nouveau virus

Après le Covid-19, la "maladie X" ? Que sait-on de cette future potentielle pandémie que l'OMS redoute

Qu’est-ce que la " maladie X " qui a affolé les réseaux sociaux ?

l'essentiel La "maladie X" est une maladie qui figure sur la liste de l’OMS des neuf maladies et agents pathogènes prioritaires. Son inscription sur cette liste vise à pousser les scientifiques à anticiper une menace inconnue.

La phrase a été prononcée par Dr. Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). "La menace d’un nouveau variant (de Covid-19, ndlr), qui pourrait relancer les contaminations et les décès dans le monde, demeure. La menace d’un agent pathogène émergent encore plus mortel existe également", a-t-il déclaré lors de l’Assemblée mondiale de la Santé, organe décisionnel de l’OMS.

De nombreux internautes ont cru à l’apparition d’un nouveau virus, la "maladie X", mais il n’en est rien. Pour l’instant, le chef de l’OMS a seulement souligné le fait qu’un nouvel agent pathogène pouvait émerger, comme ce fut le cas pour le Covid-19 et que le monde devait y être préparé – gouvernements et scientifiques en premier lieu.

Les neufs agents pathogènes prioritaires

Cette maladie inconnue, l’OMS l’a déjà anticipée. Baptisée "Maladie X", elle figure sur la liste des neufs maladies et agents pathogènes prioritaires. Sur cette liste, on trouve dans l’ordre :

  • Le Covid-19
  • La fièvre hémorragique de Crimée – Congo
  • Les infections à virus Maburg et Ebola
  • La fièvre de Lassa
  • Le Mers et le Sars
  • L’infection à virus de Nipah
  • La fièvre de la vallée du Rift
  • La maladie X

"La maladie X représente la connaissance qu’une épidémie internationale grave pourrait être causée par un agent pathogène actuellement inconnu pour causer une maladie humaine. Le R&D Blueprint cherche explicitement à permettre une préparation précoce à la R&D transversale qui est également pertinente pour une ‘maladie X’ inconnue", explique l’OMS ; le R&D Blueprint étant une stratégie globale de l’OMS qui permet l’activation rapide des ressources en recherche et développement lors d’épidémie.

Cette liste a été mise au point en 2017 et mise à jour à la fin de l’année 2022. La nouvelle version vient donc d’être dévoilée. L’objectif est d’anticiper les risques de pandémies en orientant les investissements mondiaux, la R&D, notamment concernant les vaccins, les tests de dépistage et les traitements. "Cette liste d’agents pathogènes prioritaires est devenue un point de référence pour la communauté de la recherche quant aux domaines dans lesquels il faut concentrer les énergies pour gérer la prochaine menace", a déclaré la Dre. Soumya Swaminathan, Scientifique en chef de l’OMS.

"Nous savons que la prochaine maladie X apparaîtra"

En 2021, Richard Hatchett, directeur général de la Coalition pour les innovations en matière de préparation aux épidémies (CEPI), avait publié un article sur le site de l’ONU, brossant le portrait de la maladie X. "Le X dans ‘maladie X’ représente tout ce que nous ignorons. Il s’agit d’une nouvelle maladie dont nous saurons peu de choses lorsqu’elle apparaîtra : elle pourra ou non être mortelle, très contagieuse et constituer une menace à notre mode de vie. Nous ignorons également quand et comment elle franchira la barrière virale et infectera les populations. En revanche, nous savons que la prochaine maladie X apparaîtra et que nous devons être prêts", écrit-il.

Avant le Covid-19, des maladies bien plus meurtrières ont émergé mais elles n’étaient pas aussi contagieuses que le coronavirus. "Les agents pathogènes émergent et émergent de nouveau continuellement : de la variole du singe transmis à l’être humain, du paludisme résistant aux médicaments, de la typhoïde et de la peste, aux virus mortels Nipah et Mers et aux souches de la grippe aviaire, en passant par le virus Zika et celui du chikungunya transmis par les moustiques. Toutes les nouvelles maladies n’ont pas un potentiel pandémique, mais la prochaine qui en aura un pourrait être aussi grave que la Covid-19, voire plus grave ", prévient Richard Hatchett.

La pandémie de Covid-19 est sous contrôle, selon l'OMS.

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apparition dun nouveau virus

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apparition dun nouveau virus

La pass vaccinal fut la plus grande honte de notre histoire a ce jour....

Tout a fait , la plus grosse honte sans précédent que notre monde n'est jamais conçu ...

ce virus va enchanter le Bast -Dast (n ) surtout si il se faufile sur des sites spécialisés que le Bast Dast visite en privé et en soirée avec la lettre favorite de l'alphabet .

Il faut bien maintenir les grandes peurs pour pouvoir tenir l'humanité sous contrôle, et la manipuler à souhait ! L'OMS a un grand rôle à jouer là dedans.

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ladepeche.fr

Comment apparaît un nouveau variant d'un virus ?

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Un virus qui se répand à grande échelle peut muter, créant ainsi un nouveau variant, comme le montrent les nombreuses versions du Coronavirus. Ces variants sont en réalité des « copies ratées » du virus d’origine.

Pour bien comprendre comment sont créés les variants d’un virus , il faut tout d’abord revenir sur sa façon de fonctionner. Le virus est un micro-organisme qui a besoin de pénétrer dans une cellule ou une bactérie pour survivre. Son seul objectif est de se répliquer pour continuer à exister. Une fois en place dans un organisme, le virus va donc recopier son matériel génétique. C’est à ce moment-là que notre corps va commencer à combattre le virus , en déclenchant une réponse immunitaire . Lors de ce travail de copie, il arrive que le virus fasse des erreurs, appelées des mutations. Cette nouvelle version mutée du virus peut alors devenir un variant si elle se développe, car elle est quasiment identique au virus d’origine, mais il existe quand même une petite différence à cause d’une erreur de copie.

Les conséquences de l’apparition d’un nouveau variant d’un virus

Il faut savoir que tous les virus mutent en permanence, car les erreurs de copie ne sont pas rares. Ces mutations peuvent avoir plusieurs conséquences. Dans la plupart des cas, cela ne change quasiment rien. Le virus garde les mêmes capacités, se transmet de la même façon et déclenche des symptômes similaires chez ses hôtes. Dans certains cas, la mutation va même nuire au virus. Il peut se transmettre moins bien que le virus d’origine, par exemple. Cette version mutée du virus va alors être amenée à disparaître. Enfin, il arrive que les mutations du virus lui soient bénéfiques. Elles lui permettent par exemple de se transmettre plus facilement à un autre organisme. Ce nouveau virus, appelé variant, prendra alors peu à peu le dessus sur le virus d’origine jusqu’à devenir la version du virus qui dominera les autres.

Comment lutter contre les variants d’un virus ?

L’épidémie de Covid-19 et  l’arrivée régulière de nouveaux variants dans de nombreuses régions du monde ont mis en lumière ces mutations qui permettent à un virus de continuer à contaminer autrement. On ne peut pas empêcher les variants d'apparaître, car l’apparition de mutations chez un virus est un processus lié au fonctionnement même du virus. Lavage de main, distanciation sociale… Pour lutter contre les variants d’un virus, il faut garder les mêmes réflexes qu’avec le virus d’origine, car les modes de contamination restent semblables. D’autre part, un vaccin destiné à lutter contre un virus ne sera pas systématiquement moins efficace contre le variant de ce virus, car cela dépendra des mutations subies par ce variant.

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Les épidémiologistes chinois suivent de près l'apparition de personnes infectées par un nouveau virus, le virus Langya, dans l'est du pays.

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Dans une correspondance au  New England Journal Of Medicine , les scientifiques du  Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, en Chine, font part d'une nouvelle qui rappelle le début de l'épidémie de Covid-19. Dans les provinces du Henan et du Shandong, 35 personnes ont été infectées par un nouveau virus du genre Henipavirus, appelé Langya (LayV), entre janvier 2019 et janvier 2021.

Un nouveau virus à ARN du genre Henipavirus

Il s'agit d'un virus à ARN enveloppé dont le génome fait environ 18.000 nucléotides nucléotides et code six protéines protéines structurelles. Parmi les 35 malades, 26 n'étaient infectés que par le virus Langya - les autres présentaient d'autres maladies infectieuses. Ainsi, l'analyse des symptômes symptômes provoqués par le virus n'a été faite que sur ces 26 malades. Tous les patients présentaient de la fièvre fièvre (100 %), suivie d'une fatigue, de la toux et des douleurs douleurs musculaires pour la moitié d'entre eux. Certains souffraient aussi de nausées, de maux de tête et de vomissements. 

Si le virus Langya apparaît comme seul responsable des symptômes présentés par les patients, il ne remplit pas tous les critères du postulat postulat de Koch, un ensemble de règles émises par Robert Koch Robert Koch au XIX e siècle et réadaptées depuis, qui permettent d'identifier à coup sûr l'agent étiologique d'une maladie.

Le virus Hendra, observé au microscope électronique. © AJC1, CC by-nc 2.0

Pas de contamination interhumaine prouvée

Aucune transmission interhumaine n'a été mise en évidence à ce stade. Les cas identifiés ne sont pas restreints géographiquement et l'enquête menée auprès des patients ne révèle pas de contact rapproché avec d'autres malades. En revanche, la contamination contamination semble d'origine animale. Trois chèvres et quatre chiens chiens , parmi les centaines testées, ont des anticorps anticorps dirigés contre le virus Langya. En revanche, les études menées sur la faune faune sauvage désignent les musaraignes comme le réservoir naturel du virus.

Zika, Chikungunya, Nipah… : d’où viennent ces nouveaux virus ?

Le genre Henipavirus n'est pas inconnu des épidémiologistes puisqu'il contient deux autres virus zoonotiques connus pour provoquer des maladies sévères voire mortelles chez certains mammifères mammifères , dont l'être humain  : les virus Nipah virus Nipah et Hendra, tous les deux présents naturellement chez les chauves-souris .

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Coronavirus : les grandes dates de la pandémie

L’Organisation mondiale de la santé a annoncé début janvier qu’un nouveau coronavirus pouvait être à l’origine d’une épidémie inconnue, apparue en Chine le 8 décembre. Depuis cette date, le Covid-19 s’est propagé dans le monde entier. Voici les principales étapes de cette pandémie.

  • Frédérique Schneider ,
  • le 25/04/2020 à 07:31

Lecture en 7 min.

Coronavirus : les grandes dates de la pandémie

Dans les rues de Wuhan le 8 avril.

SHI ZHI/Featurechina/MAXPPP

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► 8 décembre 2019 L’apparition du virus à Wuhan, en Chine

Un virus inconnu est signalé par des médecins chinois le 8 décembre. La maladie aurait cependant été contractée pour la première fois au mois de novembre, selon un quotidien hongkongais publiant un rapport gouvernemental. Son origine serait liée à un marché aux animaux sauvages de la ville de Wuhan, dans la province du Hubei.

Le virus se propage ensuite au reste de la Chine puis à l’Asie, avec un premier cas découvert en Thaïlande, le 13 janvier. Des cas sont aussi rapportés au Japon, en Corée du Sud et à Taïwan. Des malades sont également déclarés à bord de deux bateaux de croisière en provenance de Hong Kong et d’Okinawa (Japon). Les deux paquebots sont mis en quarantaine pour éviter la contagion.

→ EN DIRECT. Coronavirus : les dernières informations en France et dans le monde

► 9 janvier 2020 L’OMS déclare l’existence d’un nouveau coronavirus

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) et les autorités sanitaires chinoises annoncent le 9 janvier la découverte d’un nouveau coronavirus en Chine. Nommé « 2019-nCoV », il est confirmé comme agent responsable des « mystérieuses pneumonies » survenues à Wuhan. Le 11 janvier, un premier décès parmi les patients chinois atteints du coronavirus est révélé. Le lendemain, des chercheurs chinois partagent la séquence génétique du virus avec le reste du monde, permettant ainsi la fabrication de tests de dépistage.

→ À LIRE. Coronavirus en Chine : ce que l’on sait du « nCoV »

► 20 janvier La transmission entre humains est confirmée

Zhong Nanshana, un scientifique chinois de renom, affirme que le Covid-19 se transmet entre humains. L’OMS confirme cette information sans toutefois recommander une restriction des voyages, se contentant de dépistages dans les aéroports. L’OMS demande aussi « à tous les pays » de mettre en place des mesures pour détecter les cas de coronavirus.

Le président Xi Jinping appelle, lui, à enrayer « résolument » la propagation du virus, alors que des centaines de millions de Chinois s’apprêtent à voyager à l’occasion des congés du Nouvel An lunaire. La ville de Wuhan – 11 millions d’habitants - est mise en quarantaine le 23 janvier. Le confinement est ensuite imposé à la quasi-totalité de la province du Hubei – 56 millions de personnes. La Chine compte à cette date 555 cas déclarés de coronavirus et 17 décès.

► 24 janvier La France annonce trois cas de coronavirus

Le ministère de la Santé français déclare que trois patients positifs au nouveau coronavirus sont hospitalisés dans l’Hexagone. Présentés comme les trois premiers cas européens, deux se trouvent à Paris et un à Bordeaux. Le même jour, des scientifiques de l’Institut Pasteur se lancent dans le séquençage du génome du coronavirus sur la base d’échantillons prélevés sur ces trois malades.

→ À LIRE. Coronavirus : trois cas confirmés en France, crainte de propagation

► 28 janvier L’Europe active son dispositif de crise

Face à l’augmentation du nombre de cas de Covid-19 en Italie, l’Union européenne déclenche un dispositif de crise. Cette décision doit permettre aux États membres et aux institutions de prendre des mesures de façon concertée. Les deux premières transmissions directes du virus hors de Chine sont confirmées : au Japon et en Allemagne. ­­­­

► 30 janvier L’OMS déclare l’urgence internationale

L’OMS déclare l’urgence internationale pour la sixième fois de son histoire. « Cette déclaration n’est pas due à ce qui se passe en Chine, mais à ce qui se passe dans les autres pays. Notre plus grande préoccupation est la possibilité que le virus se propage dans des pays dont les systèmes de santé sont plus faibles », précise son directeur général. Officiellement, dix-huit pays sont touchés par le coronavirus mais l’OMS n’estime toujours pas nécessaire de limiter voyages et échanges avec la Chine. Les premiers cas apparaissent au Moyen-Orient et aux Émirats arabes unis.

→ À LIRE. Coronavirus : qu’est-ce que l’urgence de santé mondiale ?

► 31 janvier Les cas se multiplient en Europe

Les premiers cas de personnes contaminées apparaissent un peu partout en Europe. À Rome, deux touristes chinois sont testés positifs. En Espagne, un touriste allemand est déclaré malade. En Grande-Bretagne, deux ressortissants chinois sont placés en quarantaine. L’Espagne annonce un premier cas de coronavirus dans le pays, dépisté dans l’archipel des Canaries. De son côté, le Royaume-Uni confirme deux premiers cas.

Le gouvernement italien proclame l’état d’urgence pour accélérer la lutte contre le nouveau coronavirus. La France, le Royaume-Uni et la Corée du Sud commencent à rapatrier des ressortissants. D’autres pays feront de même les jours suivants. Des compagnies aériennes, dont Air France, suspendent ou réduisent leurs vols avec la Chine continentale.

→ À LIRE. Coronavirus : l’état d’urgence déclaré pour rassurer les Italiens

► 6 février Décès du lanceur d’alerte Li Wenliang

L’OMS annonce le décès du Dr Li Wenliang, ophtalmologue à l’hôpital central de Wuhan. Ce jeune lanceur d’alerte avait tenté, avec d’autres confrères, de mettre en garde les autorités chinoises sur la gravité de la crise sanitaire à Wuhan et le danger de la maladie « dès le début du mois de décembre 2019 ». Accusé par les autorités chinoises d’avoir propagé de fausses rumeurs sur l’apparition d’une maladie proche du SRAS, il avait été interrogé par la police. En Chine continentale, le bilan de l’épidémie s’élève à plus de 28 018 cas de contamination et 560 morts.

→ À LIRE. Li Wenliang, le docteur chinois lanceur d’alerte, est mort du coronavirus

► 26 février Le Pr Raoult annonce vouloir prescrire de la Chloroquine

Selon des scientifiques chinois, la chloroquine, molécule habituellement prescrite contre le paludisme, pourrait permettre de traiter les complications liées au coronavirus. Le Pr Didier Raoult, infectiologue au Pôle de maladies infectieuses au CHU de la Timone à Marseille et directeur de l’Institut Méditerranée Infection à Marseille, reprend cette information dans une vidéo sur YouTube et annonce qu’il va utiliser « un traitement par l’association hydroxychloroquine + azithromycine pour tous les patients infectés dès le diagnostic ».

Le ministère de la santé réagit, précisant « qu’aucune étude rigoureuse, publiée dans une revue internationale à comité de lecture indépendant, ne démontre l’efficacité de la chloroquine pour lutter contre l’infection au coronavirus chez l’être humain ».

→ À LIRE. Coronavirus : le traitement à la chloroquine semble « prometteur »

► 8 mars L’Italie mise en quarantaine

Le président du Conseil italien Giuseppe Conte met en quarantaine les régions les plus touchées, avant d’étendre cette mesure dès le lendemain à l’ensemble du territoire. La population doit rester à la maison, sauf pour des déplacements jugés indispensables (courses, soins de santé, travail) et à condition de présenter un justificatif. Le pays compte à ce jour plus de 6 000 cas recensés, en majorité dans le nord du Pays, alors que l’épidémie a fait 233 morts.

→ À LIRE. Coronavirus : onze communes en quarantaine en Italie

► 11 mars L’OMS qualifie la situation de « pandémie »

Avec plus de 121 000 cas rapportés, l’OMS a déclaré que l’épidémie de Covid-19 était considérée comme une « pandémie » . Le coronavirus est aussi présent en Afrique, où le premier pays touché a été l’Égypte, et en Amérique du Sud où le Brésil compte plusieurs cas.

Cette déclaration de l’OMS n’entraîne pas de mesures particulières mais accélère la prise de décision au niveau international. Ainsi, juste après cette annonce, le président des États-Unis interdit l’entrée sur le sol américain, aux voyageurs étrangers en provenance d’Europe (excepté le Royaume-Uni et l’Irlande), à compter du 13 mars et pendant trente jours.

→ À LIRE. L'OMS qualifie l'épidémie du Covid-19 de "pandémie"

► 10 mars Une Europe confinée

Le Covid-19 se propage rapidement à tous les pays européens. Selon l’OMS, l’Europe est devenue l’épicentre de la pandémie. L’Italie, l’Espagne, l’Allemagne, la Belgique, le Royaume-Uni et la France comptent parmi les pays les plus touchés au monde.

Tous font le choix du confinement pour freiner la propagation du virus : à partir du 10 mars en Italie, du 15 en Espagne, du 17 en France et en Belgique, du 22 en Allemagne et enfin du 23 au Royaume Uni.

→ À LIRE. Ce qui nous manque le plus pendant le confinement

► 20 mars Les États-Unis touchés

Le gouverneur de l’État de New York Andrew Cuomo décrète l’arrêt de toutes les activités non essentielles et l’interdiction de tout rassemblement pour faire face à la pandémie. Ces mesures sont similaires à celles annoncées par le gouverneur de Californie. L’OMS prévient que les États-Unis, où le nombre des contaminations explose, pourraient bientôt devenir l’épicentre de l’épidémie.

→ À LIRE. Aux États-Unis, la population afro-américaine durement touchée par le coronavirus

► 2 avril Quatre milliards de personnes confinées

La barre symbolique d’un million de cas de coronavirus officiellement recensés est franchie dans le monde. Ce chiffre correspond au nombre de malades hospitalisés, et non pas à la totalité des patients contaminés, sans doute beaucoup plus élevé. Près de 4 milliards de personnes sont confinées, soit plus de la moitié de la population mondiale.

► 7 Avril Boris Johnson en soins intensifs

Atteint par le coronavirus, le premier ministre britannique Boris Johnson est hospitalisé en soins intensifs, inquiétant le Royaume-Uni, où la pandémie de Covid-19 s’aggrave avec plus de 6 000 morts.

→ À LIRE. Boris Johnson : notre dossier sur le successeur de Theresa May

Les autorités sanitaires chinoises, elles, n’ont recensé aucun nouveau décès pour la première fois depuis le mois de janvier, début de la publication des statistiques.

► 8 avril Wuhan déconfinée

Après 76 jours de quarantaine, Wuhan, capitale de la province du Hubei, épicentre de l’épidémie du coronavirus, retrouve sa liberté de mouvement. Si une certaine euphorie est partagée par une majorité de la population, la prudence reste de mise. De nombreuses restrictions et contrôles demeurent car les autorités se méfient des cas asymptomatiques qui risquent de provoquer une deuxième vague. La ville de Suifenhe située dans la province septentrionale du Heilongjiang, a imposé un confinement à ses habitants après la découverte de 25 nouveaux cas importés de la Russie voisine.

→ À LIRE. Coronavirus : Wuhan déconfinée, entre euphorie et inquiétude

► 20 avril L’Europe entame un déconfinement

Plusieurs pays européens, à la faveur d’un ralentissement de la propagation du coronavirus, ont pris ou s’apprêtent à prendre, avec beaucoup de précautions, des mesures de déconfinement de leur population.

→ À LIRE. L’Allemagne prudente sur son déconfinement

Jugeant le coronavirus sous contrôle, l’Allemagne et la Norvège entament, lundi 20 avril, un très lent déconfinement. En Italie, les premières mesures d’allégement ne seront pas prises avant le 3 mai, même si certaines entreprises rouvrent de façon partielle. L’Espagne, l’un des pays les plus endeuillés du monde, va prolonger le confinement de sa population jusqu’au 9 mai. Le gouvernement français, lui, travaille à un déconfinement très progressif à partir du 11 mai, même si la réouverture des écoles suscite encore des interrogations. Quant au Royaume-Uni, le gouvernement n’envisage pas encore de sortir de ce confinement.

→ À LIRE. Coronavirus : l’Élysée exclut un déconfinement sur critère d’âge

► 23 avril L’Europe va travailler à un plan de relance

Confrontés comme le reste de la planète à une crise économique sans précédent depuis 1945, les dirigeants européens se sont réunis en visioconférence, le 23 avril, pour discuter d’un plan de relance commun qui devrait avoisiner, selon Bercy, les 1 000 milliards d’euros. La Commission formulera des propositions à partir de mi-mai. Le premier ministre italien Giuseppe Conte a évoqué une «étape importante » , même si un consensus - modalités techniques, montant, gouvernance, nature des aides, durée, etc. - reste à trouver.

→ À LIRE. L’Europe s’entend pour travailler à un fonds de relance commun

Sources : Institut Pasteur, Organisation mondiale de la santé (OMS)

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apparition dun nouveau virus

Chercheuse associée à l'Institut d'histoire moderne et contemporaine (Ecole Normale Supérieure, CNRS, Université Paris 1), École normale supérieure (ENS) – PSL

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Chloé Maurel does not work for, consult, own shares in or receive funding from any company or organisation that would benefit from this article, and has disclosed no relevant affiliations beyond their academic appointment.

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apparition dun nouveau virus

L’actuelle crise du coronavirus est vécue comme un événement exceptionnel et entièrement nouveau. Toutefois, il convient de rappeler que plusieurs crises pandémiques grippales sont apparues depuis 1918 : outre la « grippe espagnole » de 1918-1919 , il est intéressant de rappeler la « grippe asiatique » de 1957-1958 liée au virus A (H2N2) et, en 1968-1969, la « grippe de Hongkong » due au virus A (H3N2).

« Ces pandémies font partie du cycle normal de la circulation des virus grippaux chez l’homme » , indique le site Santé publique France. Pourquoi la mémoire collective a-t-elle oublié ces deux derniers épisodes ? Comment la société avait-elle réagi à l’époque ? Quel a été le rôle de l’OMS ? Et quelles leçons peut-on en tirer pour demain ?

1957 : la première pandémie grippale suivie en temps réel par une équipe de virologues

L’OMS, instituée officiellement en avril 1948, a mis sur pied dès 1947, soit avant même sa création officielle, un programme contre la grippe, avec deux objectifs : « aider à se préparer à l’éventualité d’une nouvelle pandémie de grippe et concevoir de nouvelles méthodes de lutte pour limiter la propagation et la gravité des épidémies saisonnières ». Ce programme comporte la mise en place d’un service d’information épidémiologique, un service de réponse automatique par télex qui suit les informations relatives aux maladies soumises au Règlement sanitaire international.

La grippe de 1957 serait, d’après l’immunologiste Norbert Gualde , apparue en Chine, plus précisément au Guizhou et au Yunnan, et peut-être transmise par des canards sauvages. Ce nouveau virus, identifié par des scientifiques occidentaux, est le premier dont la diffusion est suivie en temps réel par des équipes de virologues . Cette épidémie s’étend à Singapour en février 1957, puis à Hongkong en avril, aux États-Unis en juin… Au bout de six mois, sa diffusion est mondiale. Ses effets se limitent parfois à une fièvre de quelques jours, mais elle se révèle mortelle lorsqu’elle dégénère en pneumonie sévère. Selon l’OMS, cette grippe de 1957-58 aurait causé entre 1 et 4 millions de morts dans le monde.

Cette expérience pandémique permet aux scientifiques de tirer des conclusions sur l’immunité collective  : ils observent qu’au bout de trois ans, et bien que le virus A (H2N2) continue à circuler jusqu’en 1968, une immunité collective apparaît acquise par la population, du fait de l’augmentation du niveau d’anticorps, ce qui entraîne une diminution des cas. Autre conclusion : il est très utile d’établir un réseau de surveillance fondé sur les travaux des laboratoires et des scientifiques experts. L’OMS a alors étendu son réseau de surveillance à toute la planète . Aujourd’hui, après 65 ans d’existence, ce réseau comporte 143 centres nationaux de surveillance de la grippe reconnus par l’OMS.

1968 : la « grippe de Hongkong »

En 1968, un nouveau virus apparaît : H3N2. Appelée « grippe de Hongkong », cette nouvelle pandémie touche la planète entière de l’été 1968 au printemps 1970. Elle aurait causé la mort d’environ 1 million de personnes. Elle serait en fait apparue en Asie centrale ou en Chine centrale. Mais son nom, « Grippe de Hongkong », vient du fait qu’elle a touché très fortement cette grande métropole du sud de la Chine, alors sous administration britannique : selon Claude Hannoun, professeur honoraire à l’Institut Pasteur, 500 000 Hongkongais l’auraient attrapée (sur 3,5 millions d’habitants alors), et « cette extension foudroyante était le signe de la naissance d’un virus nouveau vis-à-vis duquel, une fois encore, aucune immunité n’existait dans la population menacée. De là, l’épidémie s’étendit rapidement à toute l’Asie du Sud-Est, l’Inde et l’Australie. »

Claude Hannoun poursuit :

« Cette épidémie a stimulé l’intérêt pour le problème de la grippe et relancé les recherches, aboutissant à une meilleure compréhension de la structure du virus et du mécanisme de ses variations. De plus, elle a permis de mobiliser les moyens pour renforcer les systèmes de surveillance, notamment le réseau international de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) avec les Centres mondiaux et les Centres nationaux de référence, qui se sont révélés très utiles par la suite. »

Au Japon, l’épidémie de 1968 est moins forte , peut-être du fait du haut développement et du haut niveau d’hygiène de ce pays.

Les scientifiques réunis par l’OMS en octobre 1969 à Atlanta pour une conférence internationale sur la grippe de Hongkong estiment que la pandémie est en voie d’extinction, alors qu’en réalité elle se poursuit et se diffuse en Europe occidentale, avant d’atteindre le bloc communiste.

Selon l’historien et démographe Patrice Bourdelais, cette pandémie de 1968 a été minimisée par la presse occidentale et notamment française (aucun média n’emploie le mot de « pandémie »), alors qu’elle aurait causé 17 000 décès directs et un excédent de mortalité de 40 000 personnes rien qu’en France. Un journaliste du Monde écrit le 11 décembre 1969 que « l’épidémie de grippe n’est ni grave ni nouvelle » et estime que « la crainte qu’elle inspire n’est qu’une « psychose collective ». Pourquoi cet aveuglement ? Patrice Bourdelais l’ explique par le fait que de nombreux sujets, nationaux comme internationaux, intéressent davantage l’opinion, tels que l’esprit de libération de mai 68, et, dans l’actualité internationale, la guerre du Vietnam et celle du Biafra, qui se double d’une grave famine ; cela s’expliquerait aussi par une atmosphère d’optimisme liée au contexte économique des Trente Glorieuses, du plein emploi et du sentiment de toute-puissance médicale liée à la connaissance des antibiotiques. De plus, à l’époque, on estimait que la mort des plus de 65 ans était dans l’ordre des choses. En outre, « on n’avait pas les chaînes d’info en continu et une économie mondialisée », ajoute le docteur Richard Handschuh .

Ainsi, « à l’époque, les autorités ont minimisé la gravité », explique aujourd’hui Patrice Bourdelais. Comme aujourd’hui, pourtant, « l’industrie a ralenti à cause du nombre de malades, et une grande partie du personnel de la SNCF était grippée par exemple. Un conseiller municipal de Paris, médecin, a demandé le report de la rentrée des classes à l’automne, ce qui n’a pas été mis en place. Ensuite, ça s’est emballé dans la deuxième moitié du mois d’octobre. »

La grippe de Hongkong, dont la propagation est accélérée par le développement des transports en avion, est la première à avoir été surveillée par un réseau international chapeauté par l’OMS, et elle est devenue le fondement de tous les travaux de modélisation visant à prédire le calendrier de futures pandémies, comme le souligne l’épidémiologiste Antoine Flahaut (cité par Corinne Bensimon) . DElle est classée par l’OMS au niveau 2 de l’ indice de gravité de la pandémie .

Un rebondissement inquiétant survient en avril 2005 : une firme américaine travaillant pour une organisation médicale de Chicago envoie par erreur des échantillons du virus H2N2 dans de nombreux laboratoires situés aux États-Unis et au Canada, ainsi que dans 61 laboratoires d’Asie, d’Europe, d’Amérique latine et du Moyen-Orient. À la suite de la découverte du premier échantillon au Canada, l’alerte est rapidement lancée par l’OMS : « le risque était qu’un laborantin soit contaminé par accident et rapporte le virus à la maison », déclenchant une nouvelle épidémie. Devant le danger, toutes les mesures sont prises pour détruire les souches contaminantes.

Depuis 2011, une partie de la communauté médicale, notamment des chercheurs américains, juge nécessaire le lancement d’un programme de vaccination afin d’empêcher la ré-émergence de H2N2 dans la population mondiale.

L’OMS et la préparation contre le Covid-19

En 2018, l’OMS, commémorant les 100 ans de la grippe espagnole, prévient avec prémonition, par la voix de la Dr Wenqing Zhang, responsable du Programme mondial de lutte contre la grippe de l’OMS  :

« Le virus de la grippe mute constamment […] pour contourner nos défenses immunitaires. En cas d’apparition d’un nouveau virus capable d’infecter aisément l’être humain […], une pandémie peut se produire. […] Nous sommes sûrs qu’un nouveau virus grippal entraînera une autre pandémie mais nous ne savons pas quand celle-ci se produira, quelle sera la souche de virus en cause et quel sera le degré de gravité de la maladie. »

Les deux pics pandémiques de 1957 et 1968 ont servi à l’OMS à élaborer des réflexions et des programmes et actions de prévention. En 2003, revenant sur ces crises, l’OMS estime que « ces besoins sont toujours les mêmes aujourd’hui » . Les fonctions de l’OMS ont été considérablement renforcées et affinées en tenant compte des progrès des connaissances scientifiques. Un vaste réseau administré par l’OMS et regroupant actuellement 112 centres nationaux de lutte contre la grippe dans 83 pays et 4 centres collaborateurs OMS de référence et de recherche sur la grippe, recueille des informations sur les souches de virus grippal en circulation et les tendances épidémiologiques. Les centres nationaux expédient des isolements viraux représentatifs aux centres collaborateurs pour identification immédiate de la souche. Outre qu’il aide à déterminer la composition annuelle des vaccins recommandés, le réseau fonctionne également comme un système d’alerte rapide en cas d’émergence de variants et de nouvelles souches de virus grippal.

Visionnaire, le Secrétariat de l’OMS affirme dès 2003 :

« Une nouvelle pandémie de grippe est inévitable et peut-être imminente. D’après des modèles épidémiologiques, elle pourrait se traduire, rien que dans les pays industrialisés […] par 1 à 2 ou 3 millions d’hospitalisations et 280 000 à 650 000 décès en moins de deux ans. C’est dans les pays en développement, où les services de santé sont déjà fortement sollicités et où la population est souvent affaiblie par un mauvais état nutritionnel et sanitaire, que l’impact sera sans doute le plus grand. »

Pour bien préparer les sociétés à ce tsunami à venir, l’Assemblée mondiale de la Santé (principal organe de l’OMS) révise et adopte en 2005 le Règlement sanitaire international, nouveau cadre légal adopté par la plupart des pays visant à enrayer les menaces de maladies susceptibles de se propager rapidement d’un pays à l’autre.

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Malheureusement, cela ne suffit pas. Après de fausses alertes en 2002 (SARS), en 2004 (grippe aviaire H5N1) et en 2009 (grippe porcine A (H1N1)), c’est fin 2019 qu’apparaît le Covid-19, pour lequel l’OMS lance l’alerte pandémique le 11 mars 2020 . Le virus prend de vitesse le monde entier. Pourquoi ? Parce qu’il est très contagieux et que beaucoup de pays occidentaux comme la France, pays à l’économie fortement tertiarisée et désindustralisée, manquent de masques, de tests, de médicaments. Ainsi, Patrice Bourdelais fait remarquer qu’« en 1957-1958, il a fallu six mois pour atteindre le stade pandémique, contre un mois et demi environ pour le Covid-19  ».

Que faire à présent ? Il est essentiel, pour vaincre ce virus et éviter qu’il n’accroisse encore les inégalités sociales, que les services publics de santé soient fortement développés dans chaque État, et que l’OMS joue un rôle actif de coordination et de supervision de la réponse à apporter à la pandémie : fabrication et distribution de protections, de traitements et de vaccins. Cela s’annonce difficile étant donné la décision prise par le président Trump le 15 avril 2020 de suspendre le financement américain à l’OMS , ce qui ampute l’OMS de 22 % de son budget…

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Les nouveaux virus responsables de gastro-entérites

Les diarrhées infectieuses sont des pathologies fréquentes ayant un impact fort, particulièrement dans les pays en voie de développement (1,4 milliard d’épisodes et 2,2 millions de décès chaque année).

Si en France l’impact n’est pas aussi important, les diarrhées infectieuses constituent cependant un des premiers motifs de consultation en pédiatrie.

Les étiologies des gastro-entérites aiguës (GEA) sont variées (bactéries, virus, parasites) mais dans les pays développés dont la France, les virus sont largement prépondérants (Rotavirus et Norovirus étant les plus fréquents) en sachant toutefois que 30 à 40% des GEA n’ont pas de diagnostic étiologique soit parce que les germes ne sont pas recherchés soit parce que les diarrhées sont dues à de nouveaux agents pathogènes non détectables par les techniques courantes de diagnostic. ( Tableau I ) .

Virus responsables de gastro-entérites aiguës.

Les progrès actuels des techniques de biologie moléculaire devraient permettre de progresser dans la connaissance des étiologies virales des GEA.

Les Norovirus appartiennent à la famille des Caliciviridae et comprennent 6 génogroupes différents, distingués par comparaison des séquences de la polymérase et de la protéine de capside. Deux d’entre eux sont des Norovirus humains (GI et GII) responsables de 85 à 90% des diarrhées virales (≈ 267 millions de cas / an dans le monde et 218 000 décès / andans les pays à bas revenu).

Les diarrhées à Norovirus (sporadiques dans 88% des cas) sont très fréquentes chez les enfants de moins de 5 ans (6,5 fois plus fréquentes que chez les enfants de > 5 ans) et concernent également les sujets de > 65 ans dont la vulnérabilité est importante particulièrement pour les sujets âgés vivant en EHPAD et pour lesquels des décès peuvent être observés (6 cas / 10 000).

Les infections à Norovirus sont également la 2 e cause de diarrhée du voyageur après les ECET (Turista).

Parmi les Norovirus identifiés un variant GII-17 émerge depuis 2014 et serait responsable actuellement de près de 50% des épidémies en France dues aux Norovirus. Ce variant successeur du génotype GII-4 montre une évolution rapide des antigènes de capside, une nouvelle polymérase et une forte affinité pour les antigènes tissulaires de groupes sanguins.

La susceptibilité aux Norovirus est en partie génétiquement déterminée et liée à l’expression des antigènes HBGA à la surface des cellules intestinales chez les individus sécréteurs.

La détection de ce nouveau variant est possible par test immunochromatographique mais la sensibilité des tests est plutôt médiocre (bonne détection si CV > 10 7 cp/g de fèces).

Différentes études ont montré le rôle potentiel du microbiote intestinal dans l’aide à l’infection par les Norovirus. Les bactéries commensales de l’intestin joueraient un rôle dans l’infection (rôle d’agents facilitateurs). Il a été montré qu’ Enterobacter cloacae interviendrait dans l’attachement des Norovirus aux cellules via les antigènes HBGA ainsi que dans la réplication des virus dans les lymphocytes B. Il a aussi été montré qu’ Helicobacter pylori pouvait réactiver, grâce à sa toxine CagA, l’expression des HBGA chez les individus non sécréteurs.

Des études complémentaires sont nécessaires pour comprendre le rôle du microbiote intestinal dans les infections à Norovirus.

Le développement d’un vaccin anti-Norovirus est difficile du fait de la diversité antigénique et de l’incapacité du virus à se cultiver.

Des essais de vaccination sont en cours. Ces essais (phase I/II)concernent un vaccin bivalent (GI-1/GII-4) administré en 2 doses à 4 semaines d’intervalle par voie intramusculaire. Les premiers résultats montrent une bonne tolérance de ce vaccin candidat pour lequel la réponse en anticorps est satisfaisante, similaire à l’infection avec une persistance des anticorps produits au-delà de 1 an après la vaccination. En revanche il n’a pas été mis en évidence de réduction du nombre de cas ni de réduction de l’excrétion virale mais uniquement une réduction de la sévérité des cas.

D’autres essais sont en cours concernant un vaccin recombinant trivalent Norovirus- Rotavirus exprimant GI-3, GII-4 et VP6, administrable par voie intramusculaire. Malgré des résultats prometteurs des obstacles techniques subsistent et la vaccination anti-Norovirus ne peut être envisagée à l’heure actuelle.

Les Rotavirus ont été longtemps considérés comme les principaux virus responsables de GEA plaçant les Norovirus en seconde ligne.

Depuis la disponibilité du vaccin anti-Rotavirus la place des Norovirus a augmenté en particulier chez les enfants.

Actuellement les Rotavirus A sont impliqués dans 30 à 65% des GEA virales chez l’enfant de moins de 5 ans

La classification au sein du genre est basée sur les protéines VP7 et VP4 qui composent la partie externe de la capside(15 génotypes G et 27 génotypes P).

Les 5 combinaisons G1/G3/G4/G9P [8] et G2P [4] sont responsables de plus de 90% des infections à Rotavirus.

Des génotypes inhabituels avec risque d’émergence ont été identifiés (G5, G6, G8, G10 et G12).

La diversité des Rotavirus est très importante et à l’origine de l’émergence ou de la réémergence de souches sous l’influence de la pression immunitaire(dérive génétique intragénotypique avec émergence de variants ou réémergence cyclique de souches mutées au niveau de la protéine VP7), de l’adaptation progressive (émergence de souches animales) et de réassortiments entre souches humaines et animales (réassortiments de segments génomiques favorisés par les infections mixtes humaines et animales).

L’étude épidémiologique en France des GEA dues aux Rotavirus montre un pic épidémique en mars (pic d’incidence plus tardif en province avec un décalage d’environ 1 à 2 mois), un sexe ratio M/F de 1,34 et un âge moyen des cas de 13,7 ± 10,5 mois.

Une évolution des génotypes a été observée au cours des 15 dernières années. Si le génotype G1 reste dominant (> 50%) l’émergence du génotype G9 a été constatée à partir des années 2004-2005, la fréquence d’isolement de ce génotype étant actuellement > 20% ( Figure 1 ).

Fichier externe contenant une image, une illustration, etc.,
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Évolution des génotypes de Rotavirus depuis 2001

Si la sévérité de l’infection ne paraît pas liée au génotype en cause, l’existence d’un lien entre l’âge (< 6 mois) et la sévérité a été mise en évidence.

Deux vaccins sont disponibles en France contre les Rotavirus (ROTARIX ® monovalent, ROTATEQ ® pentavalent) mais cette vaccination n’est pas recommandée en raison du risque de survenue d’invagination intestinale aiguë après vaccination.

Elle a été mise en place dans différents pays à niveau socio-économique faible bien que différentes études aient montré une efficacité moyenne à insuffisante des vaccins disponibles. (Encadré 1)

L’inefficacité des vaccins pourrait être la conséquence d’un défaut d’attachement de la souche vaccinale sans immunisation. De plus, à moyen et long terme, la crainte d’une émergence de souches « résistantes » à la vaccination est envisagée (apparition d’un variant G1P [8] et d’un nouveau génotype échappant à la protection vaccinale.

Ces virus appartenant à la famille des Astroviridae présentent une grande diversité génétique.

Le genre Mamastrovirus (MAstV) auquel appartiennent les Astrovirus humains possède, à l’heure actuelle plus de 16 clades différents. Les MAstV humains correspondent à 4 de ces 16 clades répartis en 2 génogroupes A et B. Certains de ces clades sont des virus recombinants d’origine animale des MAstV1 classiques issus de recombinaisons intergénotypiques.

Les GEA à Astrovirus surviennent de façon épidémique en hiver dans les pays tempérés et à la saison des pluies en milieu tropical. Elles concernent surtout les enfants de 0 à 5 ans (< 3 ans pour 80% des cas) mais également les personnes âgées et les patients immunocompromis. Des GEA nosocomiales dues aux Astrovirus ont été décrites.

La prévalence globale des GEA à Astrovirus est de 2 à 9% selon les études mais actuellement ces virus ne font pas l’objet d’une recherche systématique au cours des GEA et beaucoup d’inconnues persistent.

Ces virus appartiennent à la famille des Picornaviridae et au genre Kobuvirus lequel comprend 3 espèces (A, B, C). La transmission de ces virus est oro-fécale, soit directe de personne à personne soit indirecte par les aliments (fruits de mer et particulièrement les huîtres) et l’eau.

Il n’a pas été mis en évidence de saisonnalité pour les Aichivirus et pas de populations préférentiellement concernées.

Les études réalisées dans différents pays montrent une séroprévalence élevée (30% des adultes jeunes et 80% après 50 ans au Japon, 70% en Espagne, 76% en Allemagne, 92% en Tunisie) qui contraste avec un faible niveau d’infection (prévalence globale < 3%).

Encadré 1 : vaccins Rotavirus récents et à venir

  • 1 - Souche 116 E (G9P [11], réassortant naturel bovin-humain, Bharat Biotech (Inde)
  • 2 - Réassortant bovin-humain Santha Biotechnics (Inde)
  • 3 - Rotavin™, souche humaine G1P [8] atténuée par passages sur cellules, commercialisée en 2012 au Vietnam
  • 4 - Souche RV3 (G3P [7], Australie
  • 5 - Réassortant Rhésus-humain tétravalent (new Rotashield) – essais cliniques au Ghana montrant une efficacité de 60% sur tous les génotypes

Nouveaux virus

Les Cosavirus sont des virus de la famille des Picornaviridae comprenant 6 espèces différentes (HCoV-A à F) et plus de 30 génotypes / sérotypes. Ces virus sont retrouvés dans les selles de patients diarrhéiques (1 à 6% des selles diarrhéiques) mais également fréquemment de façon asymptomatique.

Les Salivirus, de découverte récente (2009) sont des

Picornaviridae ne comprenant qu’une seule espèce et 2 génotypes. Les connaissances concernant ce nouveau virus sont actuellement restreintes. Ils seraient présents dans 4 à 9% des selles diarrhéiques chez les enfants.

Les Parechovirus, également de la famille des Picornaviridae , comprennent 16 génotypes dont 8 ont été décrits dans des GEA. Ces virus sont fréquemment impliqués dans les diarrhées infectieuses des enfants de moins de 2 ans (16,3% aux Pays-Bas, 14,6% en Thaïlande) le taux de prévalence étant variable d’une saison à l’autre et d’un génotype à l’autre. Le portage asymptomatique des Parechovirus a été mis en évidence.

En conclusion, si les Norovirus et les Rotavirus restent les virus les plus fréquemment responsables des diarrhées infectieuses, de nombreux autres virus émergent actuellement, leur mise en évidence étant devenue possible grâce aux progrès des techniques de biologie moléculaire, outils clés dans la détection de ces nouveaux virus.

La détection de ces virus permettra d’établir les formules vaccinales présentes et à venir et garantir leur efficacité. |

Déclaration d’intérêt : l’auteur déclare ne pas avoir de liens d’intérêts en relation avec cet article.

  • D’après une communication d’ A. de Rougemont – Dijon Congrès National de la Société Française de Microbiologie 22-23 mars 2016- Paris

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    Nouveaux virus responsables de gastro-entérites. Les gastro-entérites aiguës (GEA), qui constituent un des premiers motifs de consultation pédiatrique, ont des étiologies infectieuses variées mais ce sont principalement les virus qui en sont les agents responsables. Chaque année, il est notifié dans le monde 1,4 milliards d'épisodes ...

  23. Les nouveaux virus responsables de gastro-entérites

    Le développement d'un vaccin anti-Norovirus est difficile du fait de la diversité antigénique et de l'incapacité du virus à se cultiver. ... (apparition d'un variant G1P [8] et d'un nouveau génotype échappant à la protection vaccinale. Astrovirus. ... Les connaissances concernant ce nouveau virus sont actuellement restreintes ...